מחקרים שעקבו אחרי חולות פיברומיאלגיה מצביעים על כך כי לרוב אין נסיגה או החלמה מלאה מהתסמונת ופיתרון מלא לכאב הכרוני הוא נדיר.
הטיפול בפיברומיאלגיה מתחלק לטיפול תרופתי ולטיפול שאינו תרופתי. הטיפול התרופתי המקובל כיום הינו מתן משככי כאבים, תרופות לשינה ותרופות להרגעה. כמו כן, תרופות נוגדות דיכאון במינון נמוך, ובהתוויה של אפקט נוגד כאב. מטרת הטיפול הינה הקלת הכאב, שימור ושיפור איכות החיים והתפקוד היום יומי, אך לא ריפוי. עד היום לא נמצא טיפול תרופתי עם השפעה ממושכת והטיפולים התרופתיים כרוכים לעיתים בתופעות לוואי.
בהיבט שאינו תרופתי על פי הספרות הרפואית מומלץ מאוד לחולי פיברומיאלגיה לעסוק בפעילות גופנית הדרגתית ומתונה, טיפול באמצעות הידרותרפיה(טיפול במים), רחצה בחמי מרפא וטיפול קוגניטיבי - התנהגותי על מנת לקבל כלים להתמודדות עם מצבי רוח,דיכאון, חרדה וירידה ביכולת התפקודית .
